\chapter*{Introduction}
\addcontentsline{toc}{chapter}{Introduction}

La diversité génétique est basée sur quatre paires de bases: l'Adénine, la Guanine, la Thymine et la Cytosine. Quatre nucléotides qui codent nos protéines, l'identité de nos cellules et qui nous sommes.
\\Cette diversité s'est modifiée au cours du temps grâce à l'évolution. Mais les similitudes permettent de lier les espèces et les individus entre eux. 
\\Nous avons cherché à créer un programme qui pourrait aligner les séquences multiples afin de pouvoir mettre en avant les régions conservées pouvant être essentielles (e.g liaison à l'ATP) et les régions variables permettant de définir l'individu.
\\De plus, nous avons particulièrement examiné les protéines contenant une "P-loop" qui serait la séquence conservée permettant à la protéine de fixer l'ATP ou le GTP.
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Le but de cet enseignement d'approfondissement est de nous montrer comment peut-on trouver des régions conservées ou non entre espèces par alignement de séquences (simples puis multiples). Ainsi, nous avons suivi plusieurs étapes dans cet acheminement:
\begin{enumerate}
\item Créer un programme d'alignement de séquences (simples puis multiples). 
\item Créer un programme de construction d'un arbre guide à partir des distance entre clusters (méthode UPGMA).
\item Analyse de proteines à P-loop.
\end{enumerate}
Nous avons aussi tester l'efficacité de notre programme d'alignement de séquences en comparant les scores obtenus ("Sum-of-pairs score" (SPS) et "column score" (CS)) avec ceux obtenus par Clustal Omega (méthode progressive).