Pour chaque alignement de référence fourni, le script aligne les séquences deux-à-deux :
* avec la matrice blosum et des pénalités de gap différentes pour l'ouverture et la prolongation avec notre fonction `align2steps`, et compare le score obtenu avec le score de `Bio.pairwise2` ;
* avec la matrice blosum et une seule pénaliyté de gap, avec notre fonction `align_vec` (version vectorisée, plus rapide), et compare le score obtenu avec le score de `Bio.pairwise2`.
Nos alignements sont stockés dans un dossier`us_simple` situé dans le dossier balibase, sous le nom `j\_i.fasta` et `j\_i\_vectorized.fasta` respectivement, j étant le numéro de l'alignement (correspondant aux deux derniers chiffres du nom du fichier), et i étant le numééro de la paire de séquences choisies.
