Skip to content
Snippets Groups Projects
Commit 43f2e12f authored by Ariane DELROCQ's avatar Ariane DELROCQ
Browse files

Started description of script_exemples.py

parent 1b346096
No related branches found
No related tags found
No related merge requests found
Description du fichier script_exemples.py.
**Alignement simples (deux-à-deux) :**
Pour chaque alignement de référence fourni, le script aligne les séquences deux-à-deux :
* avec la matrice blosum et des pénalités de gap différentes pour l'ouverture et la prolongation avec notre fonction `align2steps`, et compare le score obtenu avec le score de `Bio.pairwise2` ;
* avec la matrice blosum et une seule pénaliyté de gap, avec notre fonction `align_vec` (version vectorisée, plus rapide), et compare le score obtenu avec le score de `Bio.pairwise2`.
Nos alignements sont stockés dans un dossier`us_simple` situé dans le dossier balibase, sous le nom `j\_i.fasta` et `j\_i\_vectorized.fasta` respectivement, j étant le numéro de l'alignement (correspondant aux deux derniers chiffres du nom du fichier), et i étant le numééro de la paire de séquences choisies.
**Alignement multiple :**
0% Loading or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment