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+# -*- coding: utf-8 -*-
+"""
+Created on Tue Jan 22 15:39:51 2019
+
+@author: Amaury Leroy
+"""
+
+import re
+from Bio.ExPASy import Prosite
+help(Prosite)
+
+# Questions 1/2 en important depuis mes fichiers, 
+#j'ai préféré ça plutôt que de télécharger direct mais faudrait changer
+handle = open("prosite.dat.txt")
+for record in Prosite.parse(handle):
+    if "P-loop" in record.description:
+        print(record.pattern)
+        print(record.name)
+        print(record.accession)
+    
+    
+#Questions 3/4/5
+import gzip
+from Bio import SeqIO
+with gzip.open("orf_coding_all.fasta.gz", "rt") as handle:
+    sequences= list(SeqIO.parse(handle, "fasta") )
+    print(sum(len(r) for r in SeqIO.parse(handle, "fasta")))
+
+seq_trad=[]
+for i in range(len(sequences)):
+    seq_trad.append(sequences[i].seq.translate(table="Yeast Mitochondrial"))
+
+with gzip.open("orf_trans_all.fasta.gz", "rt") as handle:
+    seq_trad_true= list(SeqIO.parse(handle, "fasta") )
+
+compteur = 0
+for i in range(len(seq_trad))  :
+    if str(seq_trad[i])!=str(seq_trad_true[i].seq):
+        compteur+=1
+print(compteur, " erreur(s) de traduction") #j'affiche dès qu'une séquence est mal 
+#traduite (au moins une erreur), en pratique j'ai testé au sein d'une séquence y a 
+#au moins 3-4 erreurs de traduction
+
+
+#Question 6. Il manque le stockage et l'histogramme horizontal
+regex = "[AG]-x(4)-G-K-[ST]".translate({ord(k):v for k,v in {"-":"", "(":"{", ")":"}","x":"."}.items()})
+
+creg = re.compile(regex)
+
+re.search(creg, "MSQQVGNSIRRKLVIVGDGACGKTCLLIVFSK")
+re.search(creg, str(seq_trad_true[0].seq))